堆肥后的牛粪实现了无害化和稳定化处理，达到了作为有机肥资源化利用的基本条件，但还没有达到进入市场商品化销售的程度，其应用效果和使用范围尚有局限，因此要将堆肥物料通过后续的制肥工艺进一步加工成为具有商品性质的粉状或颗粒状的有机肥和有机无机复混肥等产品。
国内外在有机肥生产和应用方式上有较大不同。国外通常的做法是利用专用撒肥车将堆肥直接撒施到种植地块，原因是农场自身附属有堆肥场所和大面积的种植地，可以实现种养物料的小范围的自我循环。我国国情则不一样，绝大部分的堆肥加工厂是独立运营的，没有自身的种植地块，有的还独立于奶牛场，往往产品销售半径几十到几百千米不等，有的更远，这就要求有机肥产品须具有耐储存、易运输的特点，达到市场商品流通储运的要求。
由于堆肥产品总体养分偏低，只能作一部分底肥使用，与现有的农艺种植习惯和作物需肥特性存在差异。所以要在有机肥胡总加入一部分磷钾化肥制成有机无机复混肥。有机无机复混肥具有双重特性，即具有有机肥肥效长、改良土壤、活化土壤中有机养分的特点，又具有无机肥养分高、肥效快的特点，优势互补，弥补了各自缺陷。
有机肥产品可以支撑颗粒状，也可以制成粉状，这取决于市场需求，为了均衡养分，适合运输和储存，建议将有机肥加工成颗粒状产品，颗粒形状有圆柱状，圆球状。成品颗粒含水率要求为：有机肥≤20%；有机无机复混肥≤10%。
有机肥加工工艺主要包括粉碎、配料、混合、制粒、烘干、冷却、筛分和打包等环节。单条生产线设备生产能力以1～10t/h为宜，过小则达不到经济规模，过大则增加原料和成品运储难度。通常情形下，可采用的工艺流程如图所示。
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