秸秆有机肥设备采用较好的堆肥发酵工艺，接种高速发酵菌剂，使得秸杆纤维素迅速分解转化，各种病原菌、杂草种子和蛔虫卵等均得到杀死，生产稳定性较强、养分种类齐全的生物有机肥。 秸杆与粪便生产的生物有机肥含有作物生长所需的氮、磷、钾等大量元素，又含有硫、钙、镁、锌、硼、钼、铜和铁等中微量元素，而且大多以有机形态存在。既可满足作物生长需要，还可提高作物对不良环境的适应能力。
与化肥相比，有机肥具有不偏肥、不缺素、稳供、长效等特点。既可使秸杆废弃物得到无害化处理，又可以通过生物有机肥增产增效，实现生态效益和经济效益的统一。 一般情况下施用这种肥料可以提高作物产量5～20%。由于有机肥料利用率较高，氮素可以达到70～80%，磷素可以达到80～90%。因此与化肥相比，在保证同样产量的情况下，可以减少肥料施用量达3成到4成，也就是减少投入20～50元/亩。
秸秆有机肥的工艺要点：
(1) 秸杆处理 首先应将秸杆粉碎到一定的细度，然后还必须向其中添加适量的家禽粪尿或污泥等原料调整堆肥物料的碳氮比和水分，或者添加菌种和酶。
(2)发酵 分两个阶段：一是前发酵，可在露天或发酵装置内进行，通过翻堆式强制通风为堆积层或发酵装置内供给氧气，以秸杆为主体添加畜禽粪便，好氧堆肥的主发酵期约为3～10天。二是后发酵，经过主发酵的半成品送到后发酵工序，将主发酵工序尚未分解的易分解有机物和较难分解的有机物进一步分解，使之变成腐殖酸、氨基酸等稳定的有机物，得到完全腐熟的有机肥制品，后发酵时间通常在20～30天以上。
(3)后处理 可根据需要将其进一步干燥、粉碎，继而加工成作物专用有机—无机复混肥。
(4)贮藏 堆肥一般在春秋两季使用，在夏冬就必须积存，储存方式可直接堆存在发酵池中或袋装，要求干燥而透气。
适宜区域：该工艺可在我国秸杆资源丰富的粮食产区和环境容量有限的地区进行推广，尤其适合环境问题比较突出的城乡结合地区使用。
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